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El software de secuenciación del genoma para GPU acelera el viaje hacia la comprensión del nuevo coronavirus

Cuando llega una crisis, se contribuye con lo que se tiene al mano. En respuesta a la pandemia de coronavirus, NVIDIA está compartiendo sus herramientas con investigadores que pueden acelerar su carrera para comprender COVID-19 y ayudar a formar una respuesta.

A partir de hoy, NVIDIA proporcionará una licencia gratuita de 90 días de Parabricks a cualquier investigador en el esfuerzo mundial para combatir el coronavirus. Basado en el conocido Genome Analysis Toolkit, Parabricks usa GPU para acelerar hasta 50 veces el análisis de datos de secuencia.

Dado que esta pandemia está evolucionando, por lo que monitoreará la situación y se ampliará la oferta según sea vaya siendo necesario.

Si tiene acceso a las GPU NVIDIA, complete este formulario [enlace TK] para solicitar una licencia de Parabricks.

Para los investigadores que trabajan con datos de lectura larga de Oxford Nanopore, un repositorio de herramientas aceleradas por GPU está disponible en available on GitHub. Además, las siguientes aplicaciones ya tienen incorporada la aceleración de GPU NVIDIA: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.

Los investigadores están secuenciando tanto el coronavirus como los genomas de las personas afectadas con COVID-19 para comprender, entre otras cosas, la propagación de la enfermedad y quién es el más afectado. Pero analizar secuencias genómicas requiere tiempo y capacidad de cómputo.

Acelerar la ciencia ha sido durante mucho tiempo parte de la misión central de NVIDIA. El equipo de Parabricks se unió a NVIDIA en in December, proporcionando la última herramienta para realizar ese trabajo. Puede reducir el tiempo para trabajar la variante de posibilidades en un genoma humano completo, de días a menos de una hora, en un solo servidor.

Dada la propagación sin precedentes de la pandemia, obtener resultados en horas versus en días, podría tener un impacto extraordinario en la comprensión de la evolución del virus y el desarrollo de vacunas.

NVIDIA está invitando a su familia de socios a unirse con ella para hacer coincidir este esfuerzo urgente para ayudar a la comunidad de investigación. Ya se está en conversaciones con proveedores de servicios en la nube y centros de supercomputación para proporcionar recursos informáticos y el acceso a Parabricks desde sus plataformas.

Se actualizará este blog con enlaces a otros que puedan proporcionar acceso basado en la nube a las GPU NVIDIA y este software en la medida que esas fuentes estén disponibles.

Nueva orientación de URL preestablecida el 19 de marzo: https://blogs.nvidia.com/blog/2020/03/19/coronavirus-parabricks/

Enlaces de soporte:

– Parabricks documentation

–  White paper

Fuente Comunicae

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